Для синхронизации настроек на нескольких компах кидаем папку C:\Users\%username%\.atom в облачную папку и делаем на неё линк. К сожалению команды mklink нет в powershell, только в cmd.

mklink /D "C:\Users\%username%\.atom" "C:\Users\%username%\Nextcloud\settings\.atom"

mklink /D откуда куда